Ergenekon Davası'ndan 47 yıl 3 ay hapis cezasına çarptırılmıştı. Hapishane şartlarında tedavi ile şifa bulamayacağı raporunun üzerine İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesince tahliye edilmişti.
Bir ifadesinde şunları söylemişti: Ben Ergenekon'u bilmem. Ergenekon'u tanımıyorum. Ergenekon iddianamesini okuma lüzumu bile hissetmedim. Bana 'Ergenekoncu' dediler. Bilmediğim şeyleri bana layık gördüler. Ben JİTEM'ciyim, JİTEM'i kurdum. 21 yıl dağlarda çarpıştım. Benim cezam bu mu? Vatanı sevmem mi? PKK'li olmamam mı? 21 yıl eşime kocalık edemedim, kızıma babalık edemedim. Beni burada yargılamakla zaten öldürdünüz. Ben buraya savunma yapmaya gelmedim. Ben bu suçlamaları kabul etmiyorum. Ben suçlu değilim. Elinizi ayağınızı öpeyim asın beni.
Arif Doğan, "Örgüt üyesi olmak" ve "Yasaklanan bilgileri temin etme" gibi suçlardan 47 yıl 3 ay hapis cezasına çarptırılmıştı.
Bir ifadesinde ise Kurtlar Vadisi Gladyodan örnek vererek, Orada İskender mahkeme heyetine şunu söylüyor; Sayın mahkeme üyeleri, ben bildiğim bazı şeyleri size söylersem, kaldıramazsınız, çok kötü duruma düşersiniz. Hedef olursunuz. Bu Gladyonun veya Kurtlar Vadisinin bir sözü değil, Arif Doğanın sözüdür. Anladın mı? Ben hakimleri çok severim. Onlara zarar vermek istemem. Ne sorarlarsa tabii konuşurum. Bana sordular JİTEMi sen mi kurdun diye. Evet, ben kurdum. Yıllardır diyorum. Bunu söylerken de ben askeri literatürün dışına çıkıyorum. JİTEM yok diyenlere de hodri meydan diyorum. Var mı yok mu görsünler diyerek sözlerini bitirdi.