18 Nisan seçimlerinde alınan seçim sonuçları nedeniyle Deniz Baykal istifa etmiştir. Türkiye'de seçim yenilgisinden sonra istifa eden ilk lider oldu. Ancak 30 Eylül 2000 tarihinde Ankara'da yapılan Cumhuriyet Halk Partisi 11. Olağanüstü Kurultayında yeniden aday olmuş, yeniden seçilmiş ve üçüncü kez CHP Genel Başkanı olmuştur.
2003 Ekim ayında 30.Kurultayda tekrar genel başkanlığa seçildi. 2004 Temmuz ayında muhaliflerden Mustafa Sarıgül'e karşı olağanüstü kurultayda güvenoyu aldı.
29 Ocak 2005'te yapılan CHP Olağanüstü Kurultayı'nda, rakibi Mustafa Sarıgül'ü yenerek genel başkanlık görevine devam etti.
19-20 Kasım'da toplanan 31.Olağan Kurultayda 1158 oyun tamamını alarak tekrar genel başkanlığa seçildi.
2007 seçimlerinden önce CHP'nin de içinde bulunuduğu sol ittifakı, 22 Temmuz 2007'de yapılan Genel Seçimleri'nde %20,8 oy aldı.
26 Nisan 2008'de yapılan CHP 32. Olağan Kurultayı'nda 1231 delegeden 1021'inin oyunu alarak tekrar genel başkan seçildi.
10 Mayıs 2010 tarihinde, internet yoluyla gündeme gelen, kendisi ve bir kadın milletvekilinin içinde bulunduğu iddia edilen gizli kamera görüntülerine meydan okumak için genel başkanlık görevinden istifa ettiğini açıkladı