1926 yılında Mısırın İskenderiye şehrinde dünyaya gelen Şahin, 24 yaşında ilk uzun metrajlı filmi Baba Amini çekti. 1958 yılında Merkez Gar ile ilk büyük filmine imza atan Şahin, Selahaddin Eyyübinin hikayesini anlattığı Selahadin ile adını tüm dünayaya duyurdu. Film Amerikadan Suriyeye kadar birçok ülkede sansürlendi.
1984 yılında cezaevinde yatan Şahin, tüm sinema kariyeri boyunca sansürle ve yasaklarla mücadele etti. Yaşamı ve filmleriyle çıkarcılığı, oportinizmi, adaletsizliği, dini fanatizmi, eleştiren Mısırlı yönetmen birçok kesimin özellikle radikal islamcıların saldırılarına maruz kaldı.
1978 yapımı İskenderiye Neden? filmiyle Berlin Film Festivalinde Büyük Jüri Ödülü ve Altın Ayı Ödülünü kazandı. 1997 yılında da Kader filmiyle Cannes Film Festivalinde ödül aldı.
2004 yılında çektiği İskenderiye, New York filmi ABDde yasaklandı. Son filmi Kaosu giderek kötüleşen sağlığına rağmen 2007 yılında çeken Yusuf Şahin hayatı boyunca adaleti, eşitliği, hoşgörüyü ve özgürlüğü savundu.