Joseph Patrick ve Rose Fitzgerald Kennedy'nin dokuz çocuğundan ikincisiydi. Çocuklar arasında yoğun bir fiziksel ve düşünsel rekabetin bulunduğu bir aile ortamında, Katolik Kilisesi'nin dinsel öğretileriyle yetişti. 1940'ta Harvard Üniversitesi'ni bitirdi. İngiltere'nin savaşa hazırlıksız yakalanmasının nedenlerini ele aldığı bitirme tezi, sonradan Why England Slept (1940; İngiltere Neden Uyudu) adıyla yayımlandı ve büyük ilgi gördü.
1938'de altı ay süreyle Londra büyükelçisi olan babasının sekreterliğini yapan Kennedy 1941 sonbaharında ABD Deniz Kuvvetleri'ne katıldı. İki yıl sonra Büyük Okyanus'un güneyine gönderildi ve bir savaş gemisinin komutanlığına getirildi. Komutasındaki geminin bir Japon destroyeri tarafından batırılması sırasında ağır biçimde yaralandıysa da, mürettebatını kurtarmayı başardı ve gösterdiği kahramanlıktan dolayı madalya aldı; 1945'te ordudan terhis oldu. Bu arada babasının siyasete atılmak üzere yetiştirdiği ağabeyi Joe savaşta ölmüş ve ailenin bu konudaki beklentilerini gerçekleştirme görevi de John'a düşmüştü. John, akademik alanda çalışmayı ya da bir gazeteci olarak yükselmeyi planlamış olmasına karşın, bu durum karşısında siyasete atılmaya karar verdi.
Kennedy, 1964 seçimlerindeki rakibinin Arizona'nın Cumhuriyetçi senatörü Barry Goldwater olacağına ve onu ezici bir yenilgiye uğratırsa istediği refrom yasalarını Kongre'den geçirecek gücü elde edeceğine inanıyordu. Bu planını gerçekleştirmesini engelleyecek en önemli sorun, yardımcısı Johnson'ın eyaleti Texas'ta her ikisi de Demokrat olan Vali John B. Conally ile Senatör Ralph Yarborough arasında süren çekişmeydi. Kennedy seçmenlere karşı bir birlik görünümü yaratmak amacıyla iki siyasetçiyi yanına alarak eyalette bir gezi düzenlemeyi kararlaştırdı.
22 Kasım 1963 günü karısıyla birlikte açık bir araba içinde Dallas'ta bir konvoyun arasında ağır ağır ilerlerken ateş açıldı. Ensesinden ve başından iki kurşun alan Kennedy, Parkland Hastanesi'ne götürülürken yolda öldü. Vali Connally ağır yaralanmasına karşın kurtarıldı. Başkan Yardımcısı Johnson aynı gün yemin ederek başkanlığı üstlendi.
Aynı gün, cinayetin sorumlusu olarak yakalanan 24 yaşındaki Dallaslı Lee Harvey Oswald iki gün sonra bir gece kulübünün aahibi olan Jack Ruby tarafından Dallas polis müdürlüğünün önünde öldürüldü.